貨運從業資格證的辦理部門為交通運輸主管部門或者其指定的培訓機構。
具體來說，在中國，交通運輸主管部門為中華人民共和國交通運輸部，其下設有各地交通運輸主管部門，如各省、市、縣交通運輸局等。這些部門負責管理和監督道路運輸行業，包括貨運從業資格證的頒發和管理。
此外，一些指定的培訓機構也可能具有頒發貨運從業資格證的資格。這些培訓機構通常需要經過交通運輸主管部門的審核和認可，才能夠進行培訓和頒發證書。
因此，如果您想了解具體的辦理部門，建議您咨詢當地的交通運輸主管部門或者相關機構。